近年来，随着各式质谱仪、流式细胞仪以及激光扫描共聚焦显微镜等设备的应用以及推广，使得荧光标记生物大分子药物检测的过程更加精简，且测定结果也更为准确。相较于同位素标记检测，将荧光标记法应用于生物大分子药物检测中，可以在很大程度上确保检测过程的安全性以及稳定性。
1. 将荧光标记应用于多糖类药物检测中。由于多糖的组成以及结构都较为复杂,对这类药物的分析检测也比较困难,对于这方面的研究还相对薄弱。
2. 将荧光标记应用于蛋白类药物检测中。蛋白类药物中含有大量的蛋白质，而蛋白质本身又是由多种氨基酸构成，其空间结构复杂，对其进行检测很容易受各种因素干扰，而运用荧光标记就可以简捷高效的对蛋白类药物进行定量分析。
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记妥布霉素
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记聚甘谷糖醛酸 
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记三磷酸腺苷（ATP）
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记紫杉醇PTX
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记顺铂Cisplatin
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记阿霉素DOX
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记喜树碱CPT
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记氟尿嘧啶
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记去甲肾上腺素Norepinephrine
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记多巴胺   CY3-Dopamine
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记莱克多巴胺RAC
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记血管内皮抑素Endostatin
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记抗肿瘤药物藤黄酸Gambogic acid 
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记胰岛素Insulin(Ins)
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记利妥昔单抗rituximab,Rit
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记环孢霉素Cyclosporin-A
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记更昔洛韦Ganciclovir
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记修饰替尼泊苷Teniposide
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记鬼臼噻吩甙
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记依托泊甘Etoposide
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记曲克芦丁Troxerutin     
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记酵母微囊
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记治疗性多肽药物MMI-0100
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记抗肿瘤药物rhCNB
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记心得安   
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记普萘洛尔
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记的帕西瑞肽
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记万古霉素Vanco
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记环孢菌素A CsA
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记莫西沙星
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记利多卡因
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记茶多酚
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记罗红霉素
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记厄洛替尼
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记多柔比星Doxorubicin,DOX
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记维生素B12 
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记胆固醇基普鲁兰药物
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记头孢氨苄CEX
FITC/TMR/RB/Cy3荧光标记头孢羟氨苄CDX
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