荧光标记是分子水平机制研究不可或缺的手段之一，通过物理包埋、化学连接或静电作用等将荧光探针标记在目标物上，然后再借助荧光成像，在分子水平观察目标物与组织等的相互作用。
荧光标记除了在标记抗体、蛋白等方面广泛应用外，近年来在制剂如微球、纳米粒和脂质体等方面的应用也越来越多。但，有关荧光标记胶束的报道却相对较少，在已有的报道中胶束的荧光标记方式大多为物理包埋。
胶束不稳定且容易受环境的影响，随着实验时间延长，胶束的稳定性下降(尤其是用时比较长的实验),可能会导致包载的荧光探针从胶束内核中释放出来，这样荧光信号就不能准确反映胶束的体内行为，从而干扰实验结果的测定。另胶束材料包括小分子两亲性表面活性剂和大分子两亲性聚合物材料。
荧光标记聚合物：
FITC/ICG/TRITC/Cy3荧光标记PEI支化聚乙烯亚胺
FITC/ICG/TRITC/Cy3荧光标记PAMAM树枝状聚合物
FITC/ICG/TRITC/Cy3荧光标记PLL聚赖氨酸
四苯基乙烯(TPE)-三甲川花菁荧光染料
FITC/ICG/TRITC/Cy3荧光标记DIPEG吲哚环"N"上引入聚乙二醇(PEG)醚链
FITC/ICG/TRITC/Cy3荧光标记SO3-DIPEG
PLA-PNNUAFITC/ICG/TRITC/Cy3荧光标记
FITC/ICG/TRITC/Cy3荧光标记聚乙二醇胺
FITC/ICG/TRITC/Cy3荧光偶联PEG-PAMAM
FITC/ICG/TRITC/Cy3荧光偶联聚乙二醇-聚酰胺-胺型树枝状高分子
FITC/ICG/TRITC/Cy3-P1-P2
FITC/ICG/TRITC/Cy3荧光标记SYR-PLGA-NP  
FITC/ICG/TRITC/Cy3荧光标记丁香苦苷-乳酸羟基乙酸共聚物-纳米粒
FITC/ICG/TRITC/Cy3荧光标记聚乙二醇功能化的氧化石墨烯(GO-PEG)
FITC/ICG/TRITC/Cy3荧光标记聚山梨醇80
FITC/ICG/TRITC/Cy3荧光标记PLGA聚乳酸-羟基乙酸共聚物
FITC/ICG/TRITC/Cy3荧光标记聚已内酯 PCL
FITC/ICG/TRITC/Cy3荧光标记聚乳酸 PLA
FITC/ICG/TRITC/Cy3荧光标记聚丙烯酸 PAA
FITC/ICG/TRITC/Cy3荧光标记聚丙乙烯 PS
FITC/ICG/TRITC/Cy3荧光标记聚N-异丙基丙烯酰胺 PNIPAAm
FITC/ICG/TRITC/Cy3荧光标记聚丙烯酸叔丁酯 PtBA
FITC/ICG/TRITC/Cy3荧光标记聚甲基丙烯酸甲酯 PMMA
FITC/ICG/TRITC/Cy3荧光标记聚4-乙烯基吡啶 P4VP
FITC/ICG/TRITC/Cy3荧光标记苯硼酸 PBA
FITC/ICG/TRITC/Cy3荧光标记聚(β-氨基酯) PAE
FITC/ICG/TRITC/Cy3荧光标记聚缩醛 Polyacetal