阳离子脂质的头部大都包含胺类基团（除一种脂质含脒基外），从简单的氨基到被甲基或羟乙基团取代的季铵盐。阳离子脂质的极性头起着脂质体与DNA、脂质体-DNA复合物与细胞膜或细胞内其它组分相互结合的作用。
阳离子脂质体的制备对转染效率也有影响。首先细胞转染素与DOPE的构成比是一个重要因素,不同的阳离子脂质体中细胞转染素与DOPE都有特定的摩尔比。另外,制备的溶剂也有一定的作用,用水和不同的油成分配制脂质体悬液,在无血清条件下,水悬液较乳剂有更高的转染效率,但在有血清存在的条件下情况则相反,且以角鲨烷制成的脂质体乳剂转染效率最高。在有脂肪酸条件下制备的阳离子脂质体具有比传统阳离子脂质体更高的转染活性。实验显示，在脂质体/质粒复合体中加入一种PH敏感融合肽GALA,能促进质粒的释放,从而提高转染率。
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