多甲川菁染料是一种化学品，菁染料中常以吲哚、吡啶、喹啉、噻唑、吡咯等各种杂环为端基，其中含吲哚环的菁染料在溶解性、写入灵敏度、反射率和稳定性等方面均比其他菁染料好。
根据甲川链所带电荷的区别，菁染料可分为4类，分别为:(1）阳离子多甲川菁染料;（2）阴离子多甲川菁染料;(3）中性多甲川菁染料;(4）两性离子方酸菁染料。
菁染料三甲川3H-吲哚菁染料(Cy3)
水溶性不对称吲哚三甲川菁染料Cy3-567
CY354-Rit   聚甲川菁染料分子CY354标记利妥昔单抗(rituximab,Rit)
水溶性不对称吲哚五甲川菁染料CY3-671
吲哚五甲川菁染料CY3-668
CY3-671标记牛血清白蛋白
CY3-668标记牛血清白蛋白
Cy3-567标记BSA   三甲川菁染料标记牛血清白蛋白
水溶性羧苄基甲苄基三甲川菁染料
β-磷杂和β-砷杂三甲川菁染料
甲苄基不对称三甲川菁染料
Cy3-569标记BSA   三甲川菁染料标记牛血清白蛋白