目前研究和临床常用的为可见光区（400-700 nm）和近红外一区（NIR-I，700-900 nm）的荧光染料。相较于可见光区和近红外一区荧光，近红外二区（NIR-II，1000-1700 nm）荧光在机体的散射和组织吸收变少，此波段的生物自荧光效应极低，在体内成像中展现出更深的组织穿透深度和更高的空间分辨率等优势，NIR-II荧光成像技术已成为生物医学研究的热点方向。虽然一些无机材料如稀土下转换纳米颗粒，碳纳米管，量子点能够实现近红外第二窗口区的发射，但是它们的发射波长都位于近红外窗口内，同时含有重金属元素具有潜在的生物毒性，进入活体后代谢缓慢，临床应用性受限，这大大限制了它们的应用价值。近年来，相对于无机材料，有机荧光染料引起了广泛的关注，这是由于有机染料具有相对分子量较小，易于代谢，同时也可以实现近红外第二窗口区的发射。
近红外二区染料，TTQ-F
分子式：C98H120N4O2S3
分子量：1482.22
光谱性质：Abs：655 nm；Em：983 nm
近红外二区染料，TTQ-TF
分子式：C82H88N4O2S3
分子量：1257.60
光谱性质：Abs：655 nm；Em：983 nm
近红外二区染料，TTQ-TA
分子式：C90H108N8O2S3
分子量：1430.07
光谱性质：λabs：725 nm；λem：983 nm
近红外二区染料，TTQ-TT
分子式：C48H44N4O2S5
分子量：869.21
光谱性质：Abs：644 nm；Em：976 nm
近红外二区染料，TTQ-TTF
分子式：C106H124N4O2S5
分子量：1646.47
光谱性质：Abs：695 nm；Em：997 nm
近红外二区染料，TTQ-TPA
分子式：C76H66N6O2S3
分子量：1191.57
光谱性质：λabs：Abs：687 nm；Em：1035 nm
近红外二区染料，RAFT链转移剂
光谱性质：λabs：726 nm；λem：988 nm
近红外二区染料，ATRP引发剂
光谱性质：λabs：732 nm；λem：1010 nm
近红外二区靶向探针，TTQ-RGD
光谱性质：λabs：739 nm；λem：997 nm
树枝状近红外二区染料，TTQ-PAMAM 
光谱性质：λabs：730 nm；λem：1032 nm
近红外二区聚合物染料，TTQ-PLL
光谱性质：λabs：730 nm；λem：1055 nm