荧光染料可对蛋白质、核酸和聚糖等其他结构进行染色，即便钙离子等非生物物质也可以检测出来。利用荧光物质与相应抗体或抗原发生特异性结合后，可对待测物进行定位、定性和定量的分析，此方法具有高度特异性、敏感性和直观性，是最早出现的免疫标记技术。
当荧光物质吸收激发光的能量后，电子从基态跃迁到激发态，当其回复至基态时，以发射光形式释放出能量，称为荧光。其特点为在接受能量后即可引起发光，而一旦停止供能后，荧光随之瞬间消失。
Cy3-Lysozyme   Cy3标记溶菌酶
CY3标记过氧化氢酶
Cy3-AACT      Cy3标记胰糜蛋白酶
Cy3-AACT-α1   Cy3标记α-1抗胰糜蛋白酶（标记抗体）
Cy3-ANT   Cy3标记腺嘌呤核苷转位酶（ANT)
CY3-Lyticase (10U/μl)   Cy3标记溶壁酶
CY3-Snailase    Cy3标记蜗牛酶
CY3-Protein A     Cy3标记蛋白酶K
CY3-Thrombin   Cy3标记凝血酶
CY3标记的基质金属蛋白酶-14基质(CP)
CY3标记前列腺素H合成酶(PGHS)
CY3标记沙蚕蛋白酶(NAP)  CY3-NAP
CY3标记溶栓蛋白药物尿激酶    CY3-uPA
CY3标记溶酶体蛋白水解酶Cathepsin B
CY3标记人端粒酶逆转录酶(hTERT)
CY3标记脂肪酶
CY3标记辣根过氧化物酶
CY3标记胰蛋白酶
CY3标记蛋白激酶B
CY3标记酪氨酸酶
CY3标记基质金属蛋白酶2 (MMP2)
CY3标记β-葡萄糖甘酶
CY3标记逆转录-聚合酶联反应(RT-PCR)
CY3标记靶向半胱氨酸组织蛋白酶
CY3标记锌指核酸酶
CY3标记胃蛋白酶原Ⅰ
CY3标记甲状腺过氧化物酶 (TPO)