荧光染料可对蛋白质、核酸和聚糖等其他结构进行染色，即便钙离子等非生物物质也可以检测出来。利用荧光物质与相应抗体或抗原发生特异性结合后，可对待测物进行定位、定性和定量的分析，此方法具有高度特异性、敏感性和直观性，是最早出现的免疫标记技术。
当荧光物质吸收激发光的能量后，电子从基态跃迁到激发态，当其回复至基态时，以发射光形式释放出能量，称为荧光。其特点为在接受能量后即可引起发光，而一旦停止供能后，荧光随之瞬间消失。
荧光素标记的酶
荧光素和荧光素衍生物经常用于制备用于检测细胞和溶液中酶活性的荧光底物。当被目的酶水解时，荧光素修饰的底物显示出与酶活性成线性比例的荧光强度增加。比如多种荧光素修饰的底物，用于检测胱天蛋白酶，蛋白酶，肽酶，磷酸酶等的活性。
荧光标记酶
核酸酶、蛋白酶、血清酶、过氧化物酶、HRP;辣根过氧化物酶、α-淀粉酶、β-葡聚糖酶、菠萝蛋白酶、辅酶A、果胶酶、麦芽糖酶（麦芽提取）、尿素酶,脲酶(巨豆)、纤维素酶、蜗牛酶、乙酰胆碱酯酶(ACE)、脂肪酶、中性蛋白酶、胰凝乳蛋白酶原 A、胰蛋白酶、透明质酸酶、木聚糖酶、溶菌酶(蛋清)、消化酶、淀粉酶、α-淀粉酶、α-糜蛋白酶、α类固醇脱氢酶、β-葡聚糖酶、丁酰胆碱酯酶、乙醇脱氢酶（ADH）、凝血酶、单宁酶、尿酸酶、己糖激酶、普鲁兰酶、木瓜蛋白酶、木聚糖酶、氯化溶菌酶晶体、溶葡球菌酶、甘油激酶、磷酸肌酸激酶、纤维素酶、肌酐酶、胃蛋白酶(猪源)、胆红素氧化酶、胰酶、脂肪酶、葡聚糖酶、蛋白酶K、谷氨酸脱氢酶、透明质酸酶、链霉蛋白酶E、激酶、磷酸酶、肽酶
荧光标记溶菌酶Lysozyme
荧光标记过氧化氢酶
荧光标记胰糜蛋白酶AACT
荧光标记α-1抗胰糜蛋白酶AACT-α1
荧光标记腺嘌呤核苷转位酶（ANT)
荧光标记溶壁酶Lyticase
荧光标记蜗牛酶Snailase
荧光标记蛋白酶K   Protein A 
荧光标记凝血酶Thrombin
荧光标记的基质金属蛋白酶-14基质(CP)
荧光标记前列腺素H合成酶(PGHS)
荧光标记沙蚕蛋白酶(NAP)  CY3-NAP
荧光标记溶栓蛋白药物尿激酶    CY3-uPA
荧光标记溶酶体蛋白水解酶Cathepsin B
荧光标记人端粒酶逆转录酶(hTERT)
荧光标记脂肪酶
荧光标记辣根过氧化物酶
荧光标记胰蛋白酶
荧光标记蛋白激酶B
荧光标记酪氨酸酶
荧光标记基质金属蛋白酶2 (MMP2)
荧光标记β-葡萄糖甘酶
荧光标记逆转录-聚合酶联反应(RT-PCR)
荧光标记靶向半胱氨酸组织蛋白酶
荧光标记锌指核酸酶
荧光标记胃蛋白酶原Ⅰ
荧光标记甲状腺过氧化物酶 (TPO)