荧光标记所依赖的化合物称为荧光物质。荧光物质是指具有共轭双键体系化学结构的化合物，受到紫外光或蓝紫光照射时，可激发成为激发态，当从激发态恢复基态时，发出荧光。荧光标记技术指利用荧光物质共价结合或物理吸附在所要研究分子的某个基团上，利用它的荧光特性来提供被研究对象的信息。荧光标记的无放射物污染，操作简便等优点，使得荧光标记物在许多研究领域的应用日趋广泛。
荧光染料含CY系列菁染料CY3、CY5、CY5.5、CY7、CY7.5，ICG，荧光素FITC，Bodipy系列染料，香豆素及双光子香豆素系列染料，近红外区域IR系列，ICG系列染料等。
荧光标记方向广泛，有外泌体、天然活性分子、胆酸、氨基酸、蛋白、配体、多肽、药物、共聚物、脂质体、衍生物、抗体、细胞、酶、凝集素、DNA与RNA核酸、纳米、MOF金属有机框架、微球、细菌、糖类及适配体等等。
荧光标记黑芥子硫苷酸钾 Sinigrin
荧光标记L-山梨醇 L-Sorbitol
荧光标记修饰槐角苷 Sophoricoside
荧光标记獐牙菜苦甙 Swertiamarin
荧光标记熊果苷/熊果酚甙   Arbutin
荧光标记修饰牛蒡子苷   Arctiin
荧光标记胭脂红  Carmine Red
荧光标记胭脂红酸/洋红酸  Carminic Acid
荧光标记修饰仙茅苷 A Curculigoside A
荧光标记修饰黄豆苷 Daidzin
荧光标记京尼平甙/栀子甙 Geniposide
荧光标记修饰天麻素 Gastrodin
荧光标记绣线菊苷/柳醛苷 Helicin
荧光标记马钱子苷/马钱素 Loganin
荧光标记姜黄素   Curcumin
荧光标记修饰牡丹酚原甙  Paeonolide
荧光标记银杏叶提取物
荧光标记青藤碱
荧光标记白藜芦醇
荧光标记白藜芦醇苷
荧光标记雷公藤内酯醇
荧光标记苦参碱
荧光标记糖萜素
荧光标记汉黄芩苷 Wogonoside
荧光标记染料木苷 Genistin
荧光标记穿心莲内酯 Andrographolide
荧光标记野黄芩苷 Scutellarin
荧光标记芍药苷 Paeoniflorin
荧光标记重楼皂苷 Polyphyllin
荧光标记重楼皂苷Ⅱ
荧光标记重楼皂苷Ⅲ
荧光标记薯蓣皂苷
荧光标记七叶皂苷 Aescin
荧光标记远志皂苷元 Senegenin
荧光标记马钱苷酸 Loganic Acid
荧光标记芦丁/芸香苷  Rutin
荧光标记柚皮苷  Naringin
荧光标记新橙皮苷  Neohesperidin
荧光标记修饰三七皂苷R1  Notoginsenoside R1
荧光标记甲基橙皮苷  Methyl Hesperidine
荧光标记橙皮苷/陈皮甙  Hesperidin
荧光标记柑果甙  Vitamin P
荧光标记西红花苷  Crocin
荧光标记朝藿定C  CY3-Epmedin C
荧光标记宝藿甙VI   Baohuoside VI
荧光标记大黄素
荧光标记鹿茸提取物 PAEs-Cy3
荧光标记黄芩苷
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